A qualidade da água do reservatório da UHE Queimado é monitorada trimestralmente através da análise de diversos parâmetros físico-químicos e biológicos. Assim, é possível conhecer as principais alterações nas escalas temporal e espacial desses parâmetros, e as que se processam na estrutura das comunidades aquáticas (composição, abundância e diversidade).
Dentre os 45 parâmetros físico-químicos e bacteriológicos analisados podemos mencionar a temperatura, oxigênio dissolvido, pH, considerados básicos em estudos ambientais, e ainda a presença de coliformes termotolerantes, fósforo e nitrogênio dissolvidos, que podem indicar alguns usos do entorno do reservatório. Todos os resultados são comparados com os limites estabelecidos pela legislação e suas causas são analisadas considerando todo o conjunto de fatores correlacionados.
As análises hidrobiológicas nos permitem conhecer e monitorar a comunidade fitoplanctônica, zooplanctônica, zoobentônica e as cianobactérias. A diversidade e abundância desses grupos de organismos possuem relação com a qualidade do ambiente aquático, sendo que alguns deles se proliferam em condições eutróficas e outros somente são encontrados quando há equilíbrio da concentração de nutrientes e fatores indispensáveis ao seu desenvolvimento.
