O Programa de Conservação da Ictiofauna, tem o objetivo de acompanhar as mudanças na estrutura e composição das populações de peixes no reservatório e a jusante da barragem, além dos principais fatores que interferem diretamente no manejo e conservação da ictiofauna na região. Para isso, a UHE Queimado realiza trimestralmente o monitoramento da comunidade de peixes, sendo que os ovos e larvas de peixes (ictioplâncton) são monitorados em conjunto e adicionalmente durante o período estabelecido como piracema, quando os peixes se reproduzem e realizam as desovas.
Devido à sensibilidade de algumas espécies em relação à condição biótica do ambiente aquático e de preservação do seu entorno, é possível observar os locais com prioridade na conservação das espécies, os quais muitas vezes podem atuar como berçário às larvas em desenvolvimento e garantir a perpetuação dos peixes nos rios Preto e Bezerra.
